一、檢查部門
高企認定主管部門：科技、財政、稅務部門，其他相關部門：環(huán)保、質量/安監(jiān)、審計等部門。

二、檢查要點

科技部門
1.技術領域是否屬于管理辦法或工作指引中的領域
2.專利權屬及專利時效確認
3.主要產(chǎn)品（服務）收入占高新收入比例是否超過50％
4.申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比
5.申報材料各項指標核對

財政部門
1.每年定期對承擔高企審計的事務所進行底稿等風險檢查，并抽選部分企業(yè)進行延伸檢查
2.會計師事務所行業(yè)協(xié)會自律檢查。

稅務部門
1.申報材料與稅務申報數(shù)據(jù)是否有沖突
2.高企認定稅收優(yōu)惠備案檢查
3.研發(fā)費用加計扣除備案檢查
4.其他相關稅務檢查

環(huán)保部門
1.是否存在環(huán)評風險
2.是否存在嚴重環(huán)境違法行為
質量/安監(jiān)部門    
是否存在重大質量、重大安全事故

審計部門
1.針對行政公職人員瀆職、受賄等違法行為的延伸檢查
2.國有企業(yè)自身的定期審計檢查

三、企業(yè)備查資料
（1）知識產(chǎn)權證書
（2）科技成果轉化證明材料
（3）研發(fā)活動證明材料
（4）研發(fā)費用明細賬及相關憑證
（5）高新收入證明材料
（6）科技人員證明材料
（7）產(chǎn)學研合作證明材料
（8）檢查部門要求的其他資料

高新技術企業(yè)稅收優(yōu)惠資格有效期為三年，許多企業(yè)重視申報，忽視資格維持，從而帶來潛在的稅務風險。根據(jù)《高新技術企業(yè)認定管理辦法》要求，“科技部、財政部、稅務總局應建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術企業(yè)認定管理工作的監(jiān)督檢查。”因此，企業(yè)不僅要重視認定時資料的準備，更應當注重資格維持，為期滿后重新認定及后續(xù)可能面臨的檢查做好充分準備。

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